Οι αλγοκτόνες ενώσεις είναι χημικές ουσίες που καταστρέφουν άλγη (φύκια), όταν προστίθενται στο νερό.
Παραδείγματα αλγοκτόνων είναι ο θειικός χαλκός, τα άλατα σιδήρου, τα άλατα αμίνης κολοφωνίου και τα τεταρτοταγή χλωριούχα άλατα του αμμωνίου. Οι αλγοκτόνες ενώσεις είναι αποτελεσματικές έναντι των αλγών, αλλά δεν είναι πολύ χρήσιμες για ανθοφόρα φυτά για περιβαλλοντικούς λόγους.
Το πρόβλημα με τα περισσότερα αλγοκτόνα είναι ότι ενώ καταστρέφουν όλα τα υπάρχοντα άλγη, δεν αφαιρούν τις τοξίνες που απελευθερώνονται από αυτά πριν από την καταστροφή τους.